Pada tahun 1958, SJK ( C ) Foon Yew 5, Johor Bahru telah ditubuhkan. Ia mempunyai dua blok bangunan yang mengandungi 14 buah bilik darjah, bilik guru dan pejabat.
Mulai tahun 1959, lahirlah SJK ( C ) Foon Yew 5, Johor Bahru yang mana telah berpecah dari SJK ( C ) Foon Yew 3 dan dikenali sebagai Foon Yew 3 NTP Chinese School pada ketika itu dan ditempatkan di sesi petang. Pengerusi Jemaah Pengurus pada masa itu ialah Encik Chan Cheng Wen dan Encik Chee Far Tong sebagai Guru Besar yang pertama berkhidmat dari tahun 1959 - 1965. Bilangan murid seramai 500 orang SJK ( C ) Foon Yew 3 dan SJK ( C ) Foon Yew 5 telah berkongsi menggunakan bangunan yang sama. Luas kawasan sekolah ialah 5.2.28 ekar. Ketika itu sekolah ini hanya mendapat Bantuan Separuh Kerajaan dan mulai 1962 merupakan sekolah Bantuan Penuh Kerajaan.
Encik Lim Jit Kwong (1966-1979) sebagai Guru Besar menggantikan Guru Besar yang terdahulu. Diikuti pula oleh Encik Lai Swee Hong yang mentadbir dari tahun 1979 hingga 1984. Dua blok bangunan dua tingkat telah siap dibina pada tahun 1982 di bawah pentadbiran beliau. Tempat beliau pula digantikan oleh Encik Kong Hwi Meng pada tahun 1985 hinggalah bersara pada tahun 1988. Seterusnya pula Encik Lee Khee Suang telah mengambil alih tugas Guru Besar mulai 1.4.1989 hingga 12.11.1993.
Oleh kerana bilangan murid yang semakin meningkat setiap tahun, maka satu blok bangunan empat tingkat telah dibina pada tahun 1990. Kes perbelanjaannya lebih kurang RM 8000,000.00 yang dibiayai oleh pihak PIBG kedua-dua buah sekolah dan melalui sumbangan derma. Pada masa ini bilangan murid telah mencapai 1,500 orang.
Selanjutnya suatu projek pembinaan satu blok bangunan bilik darjah dan satu blok dewan serbaguna talah dirancang. Menelang akhir tahun 1993 projek tersebut siap dibina. Bermula sessi persekolahan 1993/1994 mulai 1.12.1993, SJK (C) Foon Yew 3 dan SJK (C) Foon Yew 5 telah mempunyai bangunan berasingan dan tidak berkongsi bilik darjah lagi. Kini sekolah ini menggunakan sepenuhnya blok bangunan empat tingkat. Terdapat dua sessi persekolahan pagi dan petang yang terdiri daripada 34 buah kelas. Guru Besar yang bertugas ialah Encik Gan Tow Yen, diikuti dengan Encik Lau Kim Seng.
